هناك مخطط غربي مفضوح حصل في أوائل التسعينيات لتفكيك يوغوسلافيا، ولعب الفاتيكان في الطريق دورًا تخريبيًا هناك عبر دعم كاثوليك الاتحاد اليوغوسلافي للتمرد على الصرب الأرثوذوكس الذين هم عِماد يوغوسلافيا عامة (يعني دعم الانفصال على أسس دينية وإثنية).الكاثوليك هم الأغلبية في كرواتيا وسلوفينيا، وهما جمهوريتان أعلنتا الانفصال عن يوغوسلافيا في 1991، ودخل الجيش اليوغوسلافي ضدهما في حرب استمرت بحالة كرواتيا لـ 4 سنوات، وكان انفصال كرواتيا وسلوفينيا هو ما اعتبره الإخواني علي عزت بيجوفيتش ضوء أخضر لإتمام مشروعه الانفصالي في مارس 1992، غير أن البوسنة والهرسك كان نحو ثلث سكانها أو أكثر صرب أبناء أسر أرثوذكسية (33 إلى 38%)، على خلاف الوضع في كرواتيا وسلوفينيا (حيث نسبة الصرب في هذين البلدين بين 2 إلى 4%). وهؤلاء (صرب البوسنة) رفضوا الانفصال، ودافعوا عن الاتحاد اليوغوسلافي، وكان من المعروف مسبقًا أن إصرار بيجوفيتش على الدعوة لاستفتاء بخصوص الانفصال، ثم تأييد الاتحاد الأوروبي العاجل لهذه البلدة الجديدة المنفصلة (ذات الـ 51 ألف كم2!!)، يعني الدخول بالضرورة في حرب أهلية، وقد تسببت الحرب في مقتل حوالي 100 ألف أو أكثر، بخلاف المهجرين، وحالات الاغتصاب.
هنا ملاحظة هامة تتعلق بوضع الكروات الكاثوليك في داخل البوسنة والهرسك، وهم ثالث قومية هناك (بعد اليوشناق المسلمين والصرب)، ونسبتهم من 10% إلى 17%، حيث كانوا حلفاء لعلي عزت بيجوفيتش في دعوته للانفصال، كما كانوا حلفاءه في الحرب ببعض المراحل، وكان الرئيس الأمريكي بيل كلينتون يقوم بالتنسيق بين المسلمين البوشناق والكروات البوسنيين الكاثوليك ضد عدوّهم المشترك: صرب البوسنة وجمهوريتهم التي أسسوها تحت اسم "صربسكا" والجيش اليوغوسلافي الذي يدعمهم.. لكن هذا لم يمنع أن اشتبك الكروات والبوشناق افي مراحل أخرى، واعتبرت حربهم كحرب داخل الحرب.
وقد انتهت الحرب البوسنية بتدخل حلف الناتو في 1995 ضد جيش صرب البوسنة، وكان من أبرز المحرضّين على التدخل، برنار هنري ليفي، الذي أعتبر بمثابة مستشار سياسي لبيجوفيتش، كما أعتبر أسامة بن لادن بمثابة مستشار عسكري له (تنظيم القاعدة كان من أوائل من توجهوا للقتال في البوسنة).. كما كان لإيران وحزب الله مشاركة هناك دعمًا لبيجوفيتش، وكان المطار الذي يستقبلهم هو مطار زغرب بكرواتيا.
تسببت الحرب في مقتل عشرات الألوف من كل الأطراف (من الصرب قُتل حوالي 21 ألف جندي و5 آلاف مدني)، لكن معاناة المدنيين المسلمين كانت أكثر وأوضح.
لو فتشت خلف الأسباب الأصلية لانفجار الأزمة لوجدتها حصلت مع تراجع دور الحزب الشيوعي في يوغوسلافيا، ثم السماح بتأسيس أحزاب، تماشيًا مع الموجة الليبرالية، وحملت تلك الأحزاب أفكار إثنية ودينية.. كما يُتهم سلوبودان ميلوسوفيتش ببث خطاب قومي صربي عقّد الأزمة.